Tritt die Mukositis in Verbindung mit einer onkologischen Therapie auf, kann die Mukositis meist erst nach Beendigung dieser behandelt werden. Der Betroffene kann in dieser Zeit nur versuchen, mithilfe von schmerzstillenden Medikamenten oder speziellen Gels die Beschwerden zu lindern und weitere Infektionen zu vermeiden. Um einer Mukositis vorzubeugen, empfiehlt es sich, bereits vor Beginn der Therapie Maßnahmen zu ergreifen. Dazu gehören z. B. eine Kontrolle des Mundraums und der Zähne oder die Verwendung spezieller Mundspüllösungen. Darüber hinaus kann die sog. Kryotherapie hilfreich sein, bei der während der Chemotherapie Eiswürfel gelutscht werden, um den Zellstoffwechsel zu verlangsamen.

Es gibt verschiedene Möglichkeiten mit denen man der Entstehung einer Mukositis vorbeugen kann. Dazu gehört z. B. eine gründliche Mund- und Zahnpflege. Die Verwendung von weichen Zahnbürsten, milder Zahnpasta und Mundspülungen sind von Vorteil, wenn eine Chemotherapie geplant ist. Des Weiteren ist eine ausreichende Flüssigkeitszufuhr und der Verzicht auf stark gewürzte, säurehaltige Nahrungsmittel empfehlenswert. Betroffene sollten stets darauf achten, genügend Nährstoffe zu sich zu nehmen. Liegt eine Mukositis vor, sollten Speisen möglichst nur lauwarm gegessen und auf kohlesäurehaltige Getränke sollte verzichtet werden, um eine zusätzliche Reizung zu vermeiden.

Bei der Diagnose einer Mukositis bespricht der Arzt mit dem Patienten bestehende Symptome und bereits vorliegende Erkrankungen, um einen möglichen Zusammenhang herstellen zu können. Vor allem das Vorliegen einer Krebserkrankung kann Aufschluss über eine Mukositis geben, da diese eine häufige Nebenwirkung der Krebstherapie darstellt. Die Mukositis kann sowohl im Magen-/Darmbereich als auch in Mund und Nase auftreten. Die Weltgesundheitsorganisation hat die Mukositis in vier Schweregrade eingeteilt, wobei im Stadium 0 keine Mukositis vorliegt und im Stadium 4 bereist schwere Geschwüre und Entzündungen die Nahrungsaufnahme erschweren oder unmöglich machen.